Trong tín ngưỡng của người dân Châu Đốc nói riêng, vùng Nam Bộ nói chung, Bà Chúa Xứ núi Sam nằm trong hệ thống Thánh Mẫu, được tôn thờ trong điện thần và tổ chức các thực hành liên quan như lễ hội, tế lễ và các hình thức diễn xướng dân gian khác.

Theo truyền thuyết, từ xa xưa, khi vùng núi Sam còn hoang vu, dân làng lên núi phát hiện pho tượng cổ ngồi trên bệ đá sa thạch. Thời gian đó, giặc ngoại xâm thường xuyên quấy nhiễu nước ta. Có lần, chúng lên đỉnh núi Sam, gặp pho tượng cổ này, dù nhiều lần ra sức khiêng tượng xuống núi nhưng cố gắng thế nào cũng không thể di chuyển được.

Dân làng thấy vậy, có ý muốn “thỉnh” tượng xuống núi để gìn giữ và phụng thờ. Bao nhiêu tráng đinh lực điền được huy động, nhưng không sao nhấc pho tượng lên được. Khi các bô lão trong làng cầu khấn thì được mách “Hãy chọn 9 cô gái đồng trinh để đưa bà xuống núi”. Lạ thay, 9 cô gái khiêng tượng Bà đi một cách nhẹ nhàng. Xuống đến chân núi, tượng bỗng nặng trịch, không nhấc lên nổi. Dân làng hiểu rằng, Bà muốn ngự nơi đây nên đã lập miếu thờ.

Ban đầu, miếu Bà được xây dựng đơn sơ bằng tre lá, sau nhiều lần trùng tu mới được hoàn chỉnh và khang trang như hiện nay.

Miếu Bà Chúa Xứ núi Sam là công trình kiến trúc dạng chữ “Quốc”, hình khối tháp dạng hoa sen nở, mái tam cấp 3 tầng lầu, lợp ngói đại ống màu xanh, góc mái vút cao như mũi thuyền lướt sóng. Tường ốp gạch men, khung cửa bằng gỗ quý, được chạm trổ hoa văn công phu, tinh tế.

Bên trong có võ ca, chánh điện, phòng khách, phòng làm việc của Ban Quý tế, bên ngoài là khuôn viên sân rộng rãi, hàng rào bao quanh và cổng tam quan. Ngay giữa chánh điện, tượng Bà Chúa Xứ núi Sam đội mão, mặc áo bào thêu long phụng, ngồi uy nghi với nét mặt hiền hòa, phúc hậu. Tượng Bà cao khoảng 1,65 m. Theo nhà khảo cổ học người Pháp Malleret, tượng Bà thuộc loại tượng thần Visnu, tạc dáng người ngồi quý phái, vương giả. Chất liệu tượng bằng đá son, có giá trị nghệ thuật cao, có thể được tạc vào cuối thế kỷ VI sau Công nguyên.