Quá trình cổ phần hoá Tổng Công ty Vận tải thuỷ (Vivaso) thuộc Bộ GTVT cũng từng bị tố cáo có nhiều khuất tất. Cụ thể, theo hồ sơ xác định giá trị doanh nghiệp của Công ty mẹ Vivaso trước khi tiến hành cổ phần hoá là 327 tỉ đồng. Tháng 3.2014, Bộ GTVT đã yêu cầu Vivaso đàm phán bán cho nhà đầu tư Công ty Liên hợp xây dựng Vạn Cường theo đề nghị của ông Nguyễn Thuỷ Nguyên, Tổng giám đốc Vạn Cường.

Hiện, Công ty Vạn Cường nắm vai trò chi phối, chiếm hơn 77% cổ phần Vivaso, ông Nguyễn Thuỷ Nguyên đồng thời là Chủ tịch HĐQT Vivaso.

Đáng chú ý, tại kỳ họp thứ 3 Quốc hội khoá 14 tháng 5.2018, đại biểu Quốc hội Lưu Bình Nhưỡng đã kiến nghị Thanh tra Chính phủ xem xét lại quá trình cổ phần hoá Vivaso. Lý do, Tổng Công ty này có 10 doanh nghiệp với hàng trăm đoàn tàu đang hoạt động nhưng chỉ được bán với giá 327 tỉ đồng, tương đương một căn nhà phố cổ Hà Nội. Sau cổ phần hoá, Vivaso không có hoạt động nào về đầu tư vận tải thuỷ, mà chỉ cho thuê trụ sở, kho bãi,... gây bức xúc và khiếu nại kéo dài của cán bộ nhân viên.

Ngoài Cảng Quy Nhơn, không ít doanh nghiệp lớn của ngành GTVT cổ phần hóa bị thoái vốn khi chưa niêm yết trên thị trường chứng khoán như: Cienco 5, Tổng Cty Thăng Long, Cienco 1, Tổng Cty Tư vấn thiết kế GTVT, Tổng Cty Xây dựng đường thủy, Tổng Cty Vận tải đường thủy, Tổng công ty tư vấn thiết kế GTVT (Tedi)… Ðiều này khiến cho cổ phiếu của doanh nghiệp không được cọ xát, thực sự theo giá trị thị trường, dẫn đến nguy cơ mất vốn hoặc vốn nhà nước bị bán rẻ khi tiến hành thoái vốn.